有機肥與微生物菌劑搭配需要考慮兩方面的因素，具體如下：

　　一方面，有機質是微生物生存與繁殖的食物來源，當土壤中有充足的有機質時，微生物迅速的繁殖，在貧瘠土壤中，單純補充微生物菌劑，有益微生物在土壤中難以大量繁殖，效果有限。

　　另一方面，有機質是有益微生物的糧食，同時也是有害微生物的糧食，單純給土壤補充有機肥，雖然能夠起到改良土壤理化性質的作用，但同樣存在風險，在土傳病蟲害較嚴重的土壤中，有害微生物占據上風，施入田間的有機肥可能會成為有害微生物生長和繁殖的糧食來源。所以，在有機肥中添加適量的微生物菌肥，提高有機肥中有益微生物的群體數量，并令其占據主導地位是有必要的。土傳病蟲害越厲害的土壤，相應微生物菌肥添加量需要更高。

　　注意碳氮比（C/N）

　　當有機質碳氮比（C/N）為25時，微生物最易分解利用，同時，有機質分解也最為徹底。我們常用的農家肥或堆肥均很難能夠滿足這一碳氮比，施有機肥時，不妨將高碳氮比的有機肥原料搭配低碳氮比的有機肥原料一同腐熟發酵，這樣更有利于有機肥的腐熟和微生物的繁殖。比如羊糞可以與玉米秸稈6:4混配。

　　除此之外，高碳氮比的有機肥原料腐熟發酵時，還可以選擇添加適量的氮肥來進行調控，如玉米秸稈碳氮比（C/N）為41.3，每噸干秸稈中添加4公斤尿素即可將碳氮比（C/N）調整為25左右，或者添加12公斤復合肥（15-15-15）。